Verificar la calidad de la secuenciación y de las lecturas es un paso crítico en cualquier análisis bioinformático porque determina si los datos que usarás son confiables o si, por el contrario, introducirán errores, ruido o sesgos en tus resultados posteriores.Uno de los primeros pasos que tienes que hacer cuando comienzas a analizar las lecturas obtenidas de tu secuenciación es verificar la calidad que estas tienen.La calidad de las lecturas va a determinar qué filtros aplicar posteriormente, como por ejemplo recortar las secuencias con mala calidad, quitar adaptadores o primers, eliminar lecturas demasiado cortas o filtrar por contenido de Ns o nucleótidos no determinados en las lecturas.Si tus datos de secuenciación están mal desde un inicio, todo el pipeline posterior fallará o producirá resultados inconsistentes y esto te lleva a consumir tiempo y recursos de computo innecesarios.Para evaluar la calidad de las lecturas utilizamos programas como FASTQC, que es uno de los programas más utilizados en bioinformática para la evaluación rápida de la calidad de los datos de secuenciación.FASTQC se utiliza porque ofrece una evaluación rapida, visual y estandarizada de la calidad de las lecturas provenientes de secuenciación, principalmente de illumina, lo que la convierte en una herramienta fundamental para el control de calidad de cualquier pipeline bioinformáitico.
